在执法办案过程中，应注意区分该指导意见第1条规定 （ 《关于依法惩治妨害公共交通工具安全驾驶违法犯罪行为的指导意见》（公通字〔2019〕1号） 第1条第1款规定：“乘客在公共交通工具行驶过程中，抢夺方向盘、变速杆等操纵装置，殴打、拉拽驾驶人员，或者有其他妨害安全驾驶行为，危害公共安全，尚未造成严重后果的，依照刑法第一百一十四条的规定，以以危险方法危害公共安全罪定罪处罚；致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，依照刑法第一百一十五条第一款的规定，以以危险方法危害公共安全罪定罪处罚。”） 的以危险方法危害公共安全罪与本条规定的妨害安全驾驶罪的关系。
鉴于《刑法》第114条规定的以危险方法危害公共安全罪是重罪，该罪中的“其他危险方法”应当与放火、决水、爆炸、投放危险物质具有相当的危害公共安全的程度，而通常情形中妨害安全驾驶的行为不具有如此严重的社会危害性。因此， 实践中，对于行为的社会危害性和行为人的主观恶性均不大的妨害安全驾驶行为应当按照本罪进行处理[www.cz64.net]。对于个别情况下， 行为人妨害公共交通工具安全驾驶行为的社会危害性和行为人的主观恶性均较大，判处1年有期徒刑明显偏轻，符合《刑法》第114条规定的，可以按照以危险方法危害公共安全罪立案侦查。。
